Al poco tiempo de finalizar la guerra contra los Amos Robotech, los Invids, una raza insectoide, lanzan su ataque contra la Tierra. Agotado y sin recursos, el Ejército de la Cruz del Sur es totalmente derrotado y la Tierra es conquistada en cuestión de días. Los Invids establecen sus colmenas y granjas de protocultura por todo el planeta, usando a los humanos como mano de obra esclava. Además de esto la Regis Invid, líder de su raza, comienza una serie de experimentos para determinar la forma final a la que debe evolucionar su raza.
Pero pronto surgen grupos de resistencia contra los Invids, e inician una campaña de sabotaje y de guerra de guerrillas contra ellos. Además, la Fuerza Expedicionaria, al mando del almirante Rick Hunter, lanza una serie de ataques para recuperar el control del planeta. Estos ataques fracasan miserablemente, con muy pocos sobrevivientes. Uno de estos sobrevivientes es el teniente comandante Scott Bernard, que se estrella en alguna parte al sur de Sudamérica. Bernard decide continuar con su misión, y forma un grupo de resistencia mientras viaja hacia el Punto Reflex, la base principal Invid en la Tierra, localizada cerca de los Grandes Lagos de América del Norte.
La historia se centra en los combates del grupo de resistencia de Bernard contra los Invids a lo largo de su viaje y cómo dejan de ser simplemente un grupo de soldados para ser casi una familia. Un tema recurrente es la obsesión de Scott Bernard por destruir a los Invids luego de la muerte de su prometida, además de su comportamiento estricto e inflexible. Varios capítulos de esta parte muestran hechos del pasado de los soldados de la resistencia: la deserción de Lunk, el pasado pandillero de Rook o el comienzo del alter ego de Lancer. La serie muestra además el efecto que las continuas guerras tuvieron sobre la población de la Tierra: la mayoría no quiere participar en la resistencia por miedo a perder lo poco que les queda. Esto se manifiesta de distintas maneras: ciudades colaboracionistas, gente dispuesta a beneficiarse de la guerra, traidores, desertores, personas cansadas de la guerra que ya no se preocupan por quién domina la Tierra.
Luego de algunos años, el grupo llega a Punto Reflex justo para participar en el ataque final de la Fuerza Expedicionaria contra los Invids. El grupo de Bernard consigue convencer a la Regis de que la continuación de la batalla significaría la destrucción de ambas razas, ella hace los preparativos para irse a un lugar no revelado. Los Invids abandonan el planeta, y en su camino destruyen gran parte de la Fuerza Expedicionaria que preparaba un bombardeo nuclear masivo al empezar a agotarse sus fuerzas.
Con la liberación de la Tierra, el grupo vuelve a sus vidas normales, mientras Scott Bernard se reúne con el resto de la flota para buscar al almirante Hunter, cuya nave SDF-3 ha desaparecido.
