La diversidad de fuentes (la serie propiamente dicha, las novelas, los juegos de rol, el material original, el proyecto The Sentinels, etc) han llevado a un notable desacuerdo entre los aficionados a Robotech respecto de cuestiones que hacen a la historia y a la continuidad de las diversas partes, así como al "contexto" de la serie, por ejemplo: la organización de las fuerzas armadas, la tecnología empleada, el gobierno mundial de la Tierra, etcétera.
La mayor parte de estas discusiones se originan en torno a las novelas de McKinney; mientras hay fanáticos que las consideran como una descripción adecuada de la historia de Robotech (los llamados "McKinneyistas"), existen muchos otros que las rechazan por una variedad de razones, negándole un status de "canónicas" en parte por contradicciones con lo que se ve en la serie. Otros puntos de desacuerdo surgen en cuanto a incorporar elementos de las series japonesas originales al universo Robotech; algunos están a favor (los "universalistas"), mientras que para otros el universo de Robotech es independiente de los universos de las series originales (los "puristas").
Un punto muy discutido entre los fanáticos tiene que ver con la ubicación en el tiempo de los eventos de The New Generation. Se han formado dos líneas de pensamiento, la "Teoría del Retorno Temprano" y la "Teoría del Retorno Tardío". Estas teorías obtienen su nombre de cuándo estima cada una que se produjeron los ataques de la Fuerza Expedicionaria contra los Invid en la Tierra. Los que están a favor del retorno temprano ubican a The New Generation alrededor de 2035-2036, mientras que los que apoyan el retorno tardío la ubican entre 2042 y 2044. Ambos grupos han desarrollado extensas justificaciones de sus posturas. Harmony Gold, en su cronología oficial, parece haberse decantado por la teoría del retorno tardío: los eventos de The New Generation aparecen entre 2042 y 2044.
